氣體發生器在使用過程中基本上會遇到可靠性難以保證和安全性存在問題。其可靠性難以保證具體表現在有部分發生器的純度不夠，氮氣和氫氣中含水量高而且還帶有一定的腐蝕性，如果操作不當會有返液現象發生。有部分氣體發生器的壓縮機在使用的過程中會產生過熱、氣路進油、漏電等現象，不僅對色譜儀造成損害，嚴重時會危及操作人員的生命安全。

    氣體的純度大多沒有經過檢測，雖然可以通過基線和柱子使用壽命判斷其純度，結果卻是給色譜柱造成不必要的損失。氮氣發生器能否很好地應用于氣相色譜分析實驗，與發生器的原理有很大關系。